Южный Судан делится на 79 округов в составе 12 провинций — 10 штатов и 2 административных районов[1]. Штаты (англ. state — «штат») возглавляются губернаторами, а административные районы - главными администраторами. Округа делятся на паямы и бомы.
В стране выделяют 3 исторических региона: Бахр-эль-Газаль (северо-западные провинции), Большой Верхний Нил (северо-восточные провинции), Экватория (южные провинции).
Во время гражданской войны с 2013 по 2020 год количество штатов увеличилось до 32, а количество округов превысило 100.
22 декабря 2014 года лидер Народно-освободительное движение Судана в оппозиции[англ.] и бывший вице-президент Риек Мачар объявил об образовании 21 штата в рамках федеральной системы. Декларация не была признана правительством Южного Судана. 1 января 2015 года газета Судан Трибьюн[англ.] сообщила, что Мачар назначил «военных губернаторов» для нескольких объявленных им штатов. Эти штаты прекратили своё существование, когда НОДС-ВО присоединились к правительству единства, сформированному в феврале 2020 года.
В октябре 2015 года президент Сальваторе Киир Маярдит издал указ о создании 28 штатов вместо 10 ранее установленных штатов. Учреждались они в основном по этническому признаку.
В январе 2017 года президент Сальва Киир издал указ, в соответствии с которым количество провинций увеличилось с 28 до 32.