Япония официально делится на 47 административных единиц высшего уровня — префектуры. Они объединены в систему тодофукэн (яп. 都道府県 то-до:-фу-кэн). По этой системе страна состоит из сорока трёх префектур кэн (яп. 県); двух городов фу (яп. 府) — Киото и Осака, имеющих статус префектур; губернаторства до (яп. 道) — Хоккайдо и столичной префектуры то (яп. 都) — Токио.
Префектуры делятся на меньшие административные единицы. Это округа Японии, города, определённые указами правительства, и уезды. На 14 округов разделена префектура Хоккайдо, также 4 округа входят в состав префектуры Токио. Для остальных префектур единицей деления является уезд. К особым городам, определённым указами правительства, принадлежат города, население которых превышает 500 тысяч человек. Эти города включают Кобе (1956), Киото (1956), Нагоя (1956), Осака (1956), Иокогама (1956), Китакюсю (1963), Фукуока (1972), Кавасаки (1972), Саппоро (1972), Хиросима (1980), Сэндай (1989), Тиба (1992), Сайтама (2003), Сидзуока (2005), Сакаи (2006), Ниигата (2007) и Хамамацу (2007). Столица Токио к числу подобных городов не принадлежит, так как является городским конгломератом, а не городом.
Кроме префектур и уездов, в стране существуют административные единицы муниципального уровня, которые пользуются широкой автономией. Это центральные города префектур, особые города, собственно города, 23 специальных района Токио, а также посёлки и сёла.
Существуют различные проекты реформы нынешней системы административного деления Японии[источник не указан 969 дней].
Современная система административного деления была внедрена в период Мэйдзи в 1871 году, в результате чего были ликвидированы феоды хан (яп. 藩) и созданы префектуры. Это событие носит название хайхан тикэн (яп. 廃藩置県). В начале количество префектур соответствовало количеству хан — свыше 300 единиц. Со временем их сократили до 72, а в 1888 г. — до 47. Закон о местном самоуправлении дал префектурам больше властных полномочий. Наконец, учитывая стремительное развитие урбанизации в Японии, японское правительство рассматривает проект реформирования префектур в 10 больших административных единиц.