Административно-территориальное деление Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана имеет 2 уровня — на первом находятся 1 город областного подчинения (тадж. шаҳр) и 7 районов (тадж. ноҳия). Районы, в свою очередь, делятся на сельские общины — джамоаты (тадж. ҷамоат), которых 43. Джамоаты включают 377 сёл и 1 пгт (Мургаб). Единственным городом ГБАО является центр области город Хорог. Посёлков городского типа в ГБАО нет.
В начале XX века территория нынешней ГБАО представляла собой в административном отношении Памирский район с правами уезда, находившийся в подчинении военного губернатора Ферганской области. Внутренне деление Памирского района было таково:
В январе 1925 года на территории современной ГБАО была образована Особая Памирская область с непосредственным подчинением ЦИК Туркестанской АССР. 16 апреля Особая Памирская область вошла в состав Таджикской АССР, а в декабре того же года переименована в Горно-Бадахшанскую автономную область. В то время область делилась на 6 волостей: Бартангскую, Ваханскую, Ишкашимскую, Памирскую, Рушанскую и Шугнанскую. К 1927 году состав ГБАО оставался прежним, но волости были переименованы в районы. К концу 1929 года был образован Рохарвский район, а Памирский переименован в Мургаб-Памирский. Районы делились на 33 сельсовета[2].
В 1930 году Ванчский район был упразднён, а его территория передана в Калаи-Хумбский район прямого подчинения Таджикской ССР.
В 1932 году центр области Хорог получил статус города. Ваханский район объединён с Ишкашимским в Ваханско-Ишкашимский район.
В 1937 году восстановленный за год до этого Ванчский район был передан из прямого подчинения Таджикской ССР в ГБАО.