Футбольный клуб основан в 1992 году. В том году в подмосковном городе Сергиев Посад при местном машиностроительном заводе была организована футбольная команда «Машиностроитель».
В 1992 году «Машиностроитель» принял участие в турнире коллективов физкультуры (КФК) и занял 8-е место в группе «Центр-А»[1]. На следующий год «Машиностроитель» стал победителем в группе «Центр-В», занял 2-е место в финальном турнире КФК[2] и завоевал право стать участником первенства России.
Дебют «Машиностроителя» состоялся в 1994 году. Команда заняла неплохое для новичка 13-е место среди 24 участников 3-й зоны третьей лиги. В 1995-96 годах «Машиностроитель» также был в середине турнирных таблиц — 14-е и 9-е места.
В конце 1996 года машиностроительному заводу стало непросто содержать футбольную команду. К тому же сменилось и руководство города, которое перестало поддерживать спорт в Сергиевом Посаде. Заинтересованность проявили руководители Российской государственной академии физической культуры, чьи воспитанники составляли костяк «Машиностроителя». Став правопреемником «Машиностроителя», команда обрела новое название — «Спортакадемклуб» и стала представлять Москву.
В 1997 году «Спортакадемклуб» занял 9-е место в третьей лиге. После очередной реорганизации футбольного хозяйства, с 1998 года «Спортакадемклуб» выступал во втором дивизионе российского футбола. Лучшим результатом стало 4-е место в 1999 году.
Долгое время команда не ставила высоких задач и в основном обкатывала молодых перспективных футболистов, передавая лучших из них в более состоятельные клубы.