Первое поселение на месте современной Алегзандрии появилось в 1695 году и являлось английской колонией. Согласно закону Виргинии 1730 года весь табак, произведённый в колониях, должен был перед продажей проходить контроль на региональных складах. Один из таких складов находился недалеко от посёлка.
Со временем встала необходимость создания портового города — порта ввоза для иностранных судов и перевалочного пункта для навигации по реке Потомак вглубь страны. Капитан Филипп Александр II, владевший землями недалеко от табачного склада, и его кузен, капитан Джон Александр, выделили территорию для создания нового города, названного в честь них — Алегзандрия. 1 ноября 1748 года Лоуренс Вашингтон, член Палаты бюргеров от округа Фэрфакс, подал в Палату петицию с просьбой дать согласие на основание города. Летом 1749 года начались землемерные работы, в которых принял участие младший брат Лоуренса, Джордж Вашингтон.
Сами основатели назвали город Белхафен, в честь шотландского патриота Джона Гамильтона, II лорда Белхафена и Стэнтона, но это название, использовавшееся в лотереях для привлечения инвестиций, не прижилось. До 1779 года Алегзандрия оставалась необъединённой.
14 апреля 1755 года в доме Карлайла в Алегзандрии прошло совещание, как результат которого генерал Эдвард Брэддок предпринял свою трагически закончившуюся «Экспедицию Брэддока» для захвата французского форта Дюкен и других территорий в долине реки Огайо. В апреле 1755 года губернаторы Виргинии и провинций Мэриленд, Пенсильвания, Массачусетс и Нью-Йорк встретились для принятия решения о совместной акции против присутствия французов в Америке.
В 1785 году официальные представители Виргинии и Мэриленда встретились в Алегзандрии для обсуждения коммерческих отношений между двумя штатами. Конференция в Маунт-Верноне, фамильном поместье Джорджа Вашингтона, закончилась соглашением о мирной торговле и навигации по реке Потомак.
В 1791 году Алегзандрия была включена во вновь созданный Вашингтоном федеральный округ Колумбия и была возвращена Виргинии лишь в 1846 году, а в 1852 году вновь получила статус города.