Марк Аллен с раннего детства проявлял задатки снукерного мастерства, родители были вынуждены продать дом, чтобы обеспечить его тренировки и обучение снукеру. И они не прогадали: благодаря успешным выступлениям на любительской арене (Аллен последовательно выиграл три важнейших любительских турнира — чемпионат Европы, чемпионат мира, чемпионат Европы среди игроков до 19 лет), Марк получил путёвку в мэйн-тур в сезоне 2002/03. С тех пор он постоянно прогрессировал и улучшал свою позицию в мировой табели о рангах. В 2005 году выиграл юниорский чемпионат Европы, проходивший в Екатеринбурге[5]. В 2007 году, на домашнем турнире — Трофей Северной Ирландии — лишь в полуфинале проиграл Фергалу О’Брайену. На чемпионате мира 2008 года Аллен был в шаге от выхода в шестнадцать сильнейших, но уступил Стивену Хендри. Этих достижений было достаточно, чтобы войти в Топ-16 по итогам двух сезонов.
В первой половине сезона 2008/09 Аллен играл довольно стабильно, а в январе впервые стал участником престижного турнира Мастерс.
На чемпионате мира 2009 года Марк в 1/16 финала без труда прошёл Мартина Гоулда, а в 1/8 финала, со счётом 13:11 сенсационно победил трёхкратного чемпиона мира Ронни О'Салливана. Критики назвали эту победу самой значимой в карьере Аллена[6].
В 1/4 финала он в тяжёлой борьбе выиграл у Райана Дэя, 13:11, и прошёл в полуфинал, где встретился со вторым «тяжеловесом» на своем пути в этом турнире — двукратным чемпионом мира Джоном Хиггинсом, но уступил ему — 13:17[7]. Результатом сезона стало высшее на тот момент достижение в рейтинге — 11 место.
Сезон 2009/10 Марк Аллен начал в Китае, одержав свою первую победу на нерейтинговом турнире — Jiangsu Classic. Он убедительно переиграл в финале прошлогоднего победителя Дин Цзюньхуэя со счётом 6:0. Помимо того, что это первая победа, она ещё значима тем, что Аллен выиграл в родном городе Дина, где тому была обеспечена беспрецедентная поддержка зрителей[8].
На чемпионате мира Марк не смог повторить успех годичной давности: в 1/4 финала в решающем фрейме уступил Грэму Дотту со счётом 12:13. На этом чемпионате Аллен сделал брейк в 146 очков, который явился первым в истории Крусибла. Это довольно редкий брейк, случается реже, чем максимальный, однако, в коллекции Марка Аллена их уже 2[9].