На 1 января 1990 года Алпатовский сельсовет Наурского района Чечено-Ингушской АССР включал село Алпатово, село Свободное, отделения 3 и 4 винсовхоза «Наурский», пикет водхоза и так называемый сборный хутор, который объединял население разбросанных по территории сельсовета кошар[3].
Статус и границы сельского поселения установлены Законом Чеченской Республики от 14 июля 2008 года № 47-РЗ «Об образовании муниципального образования Наурский район и муниципальных образований, входящих в его состав, установлении их границ и наделении их соответствующим статусом муниципального района и сельского поселения»[4].
Село Алпатово располагалось в центральной части территории сельского поселения, село Свободное — на самом северо-востоке[5]. В октябре 2019 года земли Алпатовского сельского поселения вокруг села Свободного были переданы в Чернокозовское сельское поселение[6], однако само село, оказавшись за границами территории Алпатовского СП, осталось в составе муниципалитета.