Стал титулярным маркизом Феррары после смерти своего старшего брата Аццо VIII, умершего 31 января 1308 года. Однако власть в Ферраре захватил незаконнорожденный сын покойного Фреско (ум. в Венеции в 1312). В октябре того же года он от своего имени и от имени своего сына Фолько продал город Венеции в обмен на ежегодное денежное вознаграждение.
Альдобрандино II и его брат Франческо обратились за помощью к папе и падуанцам. В 1309 г. Феррару осадили папские войска. Война продолжалась полтора года, после чего венецианцы вернули домой свою армию, сильно пострадавшую от чумы. Феррара осталась в составе папского государства.
Альдобрандино II отказался от прав на Модену и Реджо, — городов, утерянных его братом Аццо VIII д’Эсте (ум. 1308) в 1306 году в результате восстания местных жителей.
В 1317 г. его сыновья и племянники восстановили власть рода д’Эсте в Ферраре, но сам он в управлении городом не участвовал и умер в Болонье в 1326 г.