Первичная структура (англ. primary structure) биологической молекулы — точное обозначение атомной структуры и расположения химических связей между атомами (включая стереохимию). Для стандартного биополимера, в молекуле которого нет разветвлений и перекрестных связей (например, ДНК, РНК или белков) понятие первичной структуры является синонимом последовательности остатков мономеров (нуклеотидов или аминокислот)[1]. Считается, что термин «первичная структура» был впервые употреблён Линнерстрёмом-Лангом в лекции Lane Medical Lectures в 1951 году. Важной особенностью первичной структуры является практически случайное расположение[уточнить] в ней аминокислотных остатков, а консервативные мотивы — устойчивые сочетания аминокислотных остатков, встречаются только если включающие их белки выполняют определённую функцию
Термины «первичная структура» и «аминокислотная (или нуклеотидная) последовательность» являются взаимозаменяемыми. Часто употребляют неудачное выражение «первичная последовательность», забывая, что не существует вторичной или третичной последовательности.[источник не указан 125 дней] Пространственные структуры, которые может принимать цепочка аминокислот или нуклеиновых кислот, называется вторичной структурой.
Первичную структуру белка принято записывать начиная с N-концевого остатка аминокислоты в направлении к карбоксильному концу (C)[1], а первичную структуру нуклеиновых кислот — от 5’-конца к 3’-концу.