Апостольская префектура Западной Сахары (лат. Praefectura Apostolica de Sahara Occidentali) — апостольская префектура Римско-Католической церкви с центром в городе Эль-Аюн, Западная Сахара. Апостольская префектура Западной Сахары подчиняется непосредственно Святому Престолу. Кафедральным собором апостольской префектуры Западной Сахары является церковь святого Франциска Ассизского.
5 июля 1954 года Римский папа Пий XI выпустил буллу Summi Dei voluntate, которой учредил апостольскую префектуру Сахары, выделив её из апостольских викариатов Марокко (сегодня — Архиепархия Танжера) и Гардайи (сегодня — Епархия Лагуата).
2 мая 1970 года апостольская префектура Сахары была переименована в апостольскую префектуру Испанской Сахары, а 2 мая 1976 года — в апостольскую префектуру Западной Сахары.