Гавань Апра расположена на западном побережье острова Гуама (около 13°26' северной широты и 144°40' западной долготы). Аганья, крупнейший город Гуама, расположена приблизительно в шести морских милях к востоку-северо-востоку от Апры.
Апра — природная бухта, улучшенная человеком, состоящая из Внешней и Внутренней гаваней. Полуостров Ороте образует южную границу Внешней гавани. Северная сторона Внешней гавани образована волнорезом, часть которого, к западу от острова Кабрас, искусственного происхождения. Средняя высота волнореза — около 15 футов (4,6 м).
Внутренняя гавань простирается к югу от восточной части Внешней гавани. Холмы к востоку и к юго-востоку от порта защищают бухту от ветров с этих направлений, но не защищают порт с других сторон света.
Ширина входа во Внешнюю гавань Апры — около 500 ярдов (457 м), глубина — более чем 100 футов (30,5 м). Хотя Внешняя гавань имеет много областей, где глубины превышают 100 футов, в ней имеются и мелководья, а также рифы. Они расположены в восточной части гавани, поблизости от входа во Внутреннюю Гавань.
Причал «K», служащий для погрузки боеприпасов, расположен на южной стороне Внешней Гавани, приблизительно в 1200 ярдах к востоку от входа в гавань. В результате специально проведённой выемки грунта, глубины рядом с Причалом K составляют теперь 45÷50 футов (от 13,7 до 15,2 м).
Большинство кораблей и плавсредств ВМС США, стоящих на якорях, располагаются при NAVACTS, на западной стороне Внутренней гавани.