Клуб «Аякс Ласнамяэ» был основан в 1993 году, с 2003 по 2005 год выступал под названием «Аякс Эстель Таллин». В 2006 году дебютировал в Мейстрилиге, сильнейшем дивизионе Эстонии, и занял в ней 8-е место, что до сих пор является лучшим результатом в истории клуба. В 2007 году «Аякс Ласнамяэ» занял последнее место и выбыл в Эсилигу. Проведя в Эсилиге 3 сезона, в 2011 году «Аякс» вновь получил право выступать в высшем дивизионе, однако по результатам чемпионата занял последнее место с разницей забитых и пропущенных мячей 11-192[1]. Данный результат является антирекордом Мейстрилиги (с 1992 года). В первой половине чемпионата клуб пропустил 66 голов, во второй — 126. С 2012 по 2017 годы «Аякс» выступал во второй лиге (четвёртом по силе дивизионе) Эстонии. По окончании сезона-2017[англ.] получил возможность перейти в третий по силе дивизион — Эсилигу Б[англ.].