Губа Бабье Море представляет собой мелководный бассейн, образованный материком и островом Великий. Диаметр около 6-7 километров. Соединена с губой Ругозерская Городецким порогом. С Кандалакшским заливом соединена порогом Купчинный. В губе множество островов. Самым большим из них является остров Еловый, расположенный в северной части губы.