Байка́льский госуда́рственный приро́дный биосфе́рный запове́дник учреждён постановлением СМ РСФСР от 26 сентября 1969 года № 571 на основании постановления Совета министров Бурятской АССР от 31 декабря 1968 года № 461.
Созданию заповедника нет дискуссия ученых и общественных деятелей. В августе 1958 г. Иркутская конференция наметила необходимость создания режима заповедности на Байкале. Затем группа специалистов заповедного дела выступила в прессе с открытым письмом, где обосновывалась необходимость создания ряда заповедных территорий на Байкале и в его бассейне. Участники конференции предложили объявить 15-километровую зону побережья озера заповедной. В 1961 г. О. К. Гусевым и А. А. Насимовичем в развитие этих предложений была выдвинута идея организации национального парка на Байкале[1]. С 1965 г. о необходимости признать часть Байкала государственной территорий с особым режимом вод, земель и лесов стали высказываться И. П. Герасимов и А. А. Трофимук. Однако акцент делался на то, что создание заповедника было необходимо с чисто практической цели — обеспечить ультрачистой водой высокотехнологичные химические производства, а «природные комплексы — ландшафты, расположенные в бассейне Байкала, как и сам Байкал, являлись теми сложными и тонкими системами, существование и динамика которых обеспечивает непрерывное восполнение объёма и свойств байкальской воды»[2].
Территория заповедника охватывает центральную водораздельную часть хребта Хамар-Дабан с высшей точкой горой Сохор (2316 м). Северный макросклон расположен вдоль южного побережья озера Байкал в пределах Кабанского района. На южном склоне граница заповедника проходит по правому берегу реки Темник на территории Джидинского и Селенгинского районов.
Заповедник изначально проектировался как комплексный экосистемный и стал вторым в «цепочке» ООПТ, охватывающих к настоящему моменту практически всё побережье Байкала. Создание заповедника послужило ответом экологов СССР на начало строительства печально известного Байкальского ЦБК. Одной из важнейших задач заповедника является охрана ненарушенных кедровых лесов. В настоящее время заповедник служит эталонной территорией для оценки воздействия аэропромвыбросов промышленности Южной Сибири на лесные экосистемы.
Площадь — 165 724 га с учётом изменений, внесенных распоряжением СМ РСФСР от 20 июня 1973 года № 366-р. Количество кластеров — 1.
Заповедник окружает полоса охранной зоны шириной от 0,5 до 4 километров общей площадью 34 788 га (образована Постановлением Совета Министров Бурятской АССР № 435 от 3 декабря 1976 года).