В 2008 году после роспуска главного футбольного клуба Иркутска «Звезды» общественность и чиновники города стали искать способы возродить местный футбол. В 2009 году было принято решение создать новый футбольный клуб, не имеющий никаких общих связей с предшественником. Инициатором идеи был Валерий Труфанов, он же будущий президент клуба. Спонсором и владельцем команды стала группа компаний «Радиан». Основу команды составили молодые игроки из дубля «Звезды». Управлять командой взялись иркутские тренеры Олег Яковлев и Вячеслав Рудаков. Перед командой поставили задачи выйти во второй дивизион с 1-го места и завоевать кубок Сибири.
Первый официальный матч в рамках ЛФЛ состоялся 8 мая 2009 года в Иркутске с барнаульским «Полимером». В сезоне 2009 «Радиан-Байкал» занял 2-е место в зональном турнире ЛФЛ, стал финалистом Кубка Сибири, занял 3-е место в финальном турнире Кубка ЛФК.
26 февраля 2010 года «Радиан-Байкал» прошёл аттестацию в ПФЛ. 18 марта 2010 клуб был официально принят в состав ПФЛ[2]. Сезон 2010 года в зоне «Восток» команда окончила на 2-м месте.
С начала сезона 2013/14 команду возглавил Сергей Горлукович, с которым «Байкал» в 16 матчах набрал 22 очка и перед зимним перерывом занимал 7 место. По личным обстоятельствам Горлукович был вынужден оставить пост главного тренера. Новым главным тренером стал Александр Алфёров. 20 ноября 2013 года с ним был подписан контракт, действующий до окончания текущего сезона.
По итогам сезона 2013/14 «Байкал» занял пятое место в зоне «Восток». Контракт с главным тренером был продлён ещё на два сезона и поставлена задача выхода в ФНЛ.
Осеннюю часть сезона 2014/15 «Байкал» завершил лидером. Но зимой команду покинули опытные игроки — Алексей Некрасов, Иван Лесков и Иван Старков. Перед решающим выездом по маршруту Комсомольск-на-Амуре — Якутск с поста главного тренера был отстранен Александр Алфёров и команду готовил его помощник Александр Дереповский и вот 1 июня 2015 года ФК «Байкал», победив в Комсомольске местную «Смену» 1:0 (мяч забил Алексей Ющук), завоевал 1-е место и получил путёвку в ФНЛ[4].