Баколь, как Гедо и Бай, а также большая часть Средней Джуббы (Jubbada Dhexe) были частью старого Верхнего Региона, разделённого в середине 1980-х.
В марте 2014 года Вооружённые силы Сомали при поддержке эфиопского батальона и АМИСОМ отбили Худдур (столицу региона Баколь) у вооружённой группы Аль-Шабаб[2]. Наступательная операция была частью усиленных военных действий объединнённых сил по свержению повстанческой группы из оставшихся под её контролем областей на юге Сомали[3].