У́лица Баку́нина в Томске начинается от улицы Обруб, заканчивается примыканием к Октябрьской улице. На этой улице сохранилась старинная булыжная мостовая. Считается самой старой улицей в городе.
Современное название получила 6 октября 1927 года в честь известного революционера-анархиста М. А. Бакунина (1814—1876). Сосланный в 1857 году в Нелюбинскую волость Томской губернии, он сумел добиться разрешения остаться в Томске, где занимался частным преподаванием.
В 1860-е годы часть улицы на Воскресенской горе именовалась Ефремовской (первое упоминание улицы с таким названием), а подъём на гору в 1870-е — 1-й Воскресенский (Ефремовский) взвоз. Название связано с фамилией домовладельцев Ефремовых, имевшим во второй половине XIX века особняк на углу с Октябрьской (тогда Воскресенской) улицей.
До 1917 года в домах на улице были устроены мелкие производства, чулочная мастерская Губинчуковой, дом 2 (ныне утрачен) — дамские мастерские Лавровой, представительство Северного стекольно-промышленного общества, «общедоступный» ресторан, пожарное депо, каланча пожарной части, полицейское управление (дом 3), бакалейный магазин Гадалова, шорная мастерская Н. П. Соколова (дом 14б), оружейная мастерская С. Е. Закгейда, водопроводная мастерская Н. А. Дроздова (дом 18), кузнечная мастерская «Труд», зеркальная мастерская Кулычева, прачечная-чистка (дом 13).
Дом 3 (1859) — Музей истории Томска, ранее полицейское управление и пожарный пост. На этом месте стояла построенная в начале XVII века Троицкая церковь- первый храм Томска.
Дом 4 (1833) — Томский костёл, в 1937 году закрыт для богослужений, через некоторое время в нём разместился аэроклуб ДОСААФ, а в 1980—1990 годах — Томский планетарий, с начала 1990-х снова костёл.