Село Балахоновка образовано крестьянами — выходцами из Нижегородской губернии, города Балахны. В те далекие времена в 17 веке церковь возглавил патриарх Никон, который изменил обряды и ввел новые ритуалы службы в храмах и крестьянской жизни. Не все православные крестьяне согласились с новыми реформами, и значительная часть людей стала переселяться в Повольже на Урал, в Сибирь. Таким образом люди поселились в истоках реки Шешма и назвали свое новое место жительства Балахоновка, деревня староверов-старообрядцев. Первый житель носил фамилию Балахонцев, что еще раз утвердило название деревни. В ней проживали русские крестьяне, единоверцы и солдаты. В селе Балахоновка имелась школа грамоты. Сведений о времени открытия школы в документах не имеется. К 1910 году школа грамоты была преобразована в земскую школу. В деревне к этому времени имелось 2 водяных мельницы, 3 маслобойных завода.
Cело Балахоновка с момента создания относилось к Бугульминскому уезду, который находился в составе Уфимской губернии. Бугульминский уезд был образован в 1781 году Екатериной Великой. Говорят, что Екатерина Великая посетила наши места, и один источник родниковой воды был назван ею «Сладким». Сладкий ключ — родник существует и по сей день.
В 1851 году уезд передан в состав Самарской Губернии, а в 1920 году уезд упразднен и Бугульма переходит в состав Татарской АССР.
Деревня в Бугульминском уезде Самарской губернии в отчете Самарского епархиального комитета православного миссионерского общества за 1889 год указана как чисто старообрядская, населяли ее беглопоповцы, а «вожаком» был крестьянин Епифан Евтихеев. Крестьянин старообрядец Балахонцев построил на своем участке моленную «без разрешения начальства», за что был обвинен, осужден, подвергнут тюремному заключению, затем вышел на свободу по амнистии.
Село в административном плане относится к сельскому поселению Назаровка муниципального района Клявлинский Самарской области.