В 1989—1992 годах город был областным центром Иссык-Кульской области (включавшей нынешнюю Иссык-Кульскую и Нарынскую области) и носил название Рыбачье, затем Иссык-Куль, а с 1993 года носит настоящее название.
Расположен на северном берегу западной оконечности озера Иссык-Куль, в 175 км юго-восточнее Бишкека. Город Балыкчы — важный транспортный узел. Из города автомобильные трассы ведут в Бишкек, в областной центр Каракол (по северному и южному берегам озера), в город Нарын и далее до пограничного пункта киргизско-китайской границы «Торугарт». Строится автодорога «Балыкчы — Джалал-Абад», железнодорожная станция «Рыбачье» — конечный пункт железной дороги Бишкек — Балыкчы. В городе расположен базовый порт Иссык-Кульского пароходства. В 40 км от города имеется международный аэропорт «Иссык-Куль» в селе Тамчы.
По данным переписи населения Кыргызстана 2009 года численность населения города составила 42 875 жителей, в том числе[3]:
Вода летом прогревается до 22 — 25 С. Зимой озеро не замерзает, но Балыкчы является воротами к жемчужине Кыргызстана — озеру Иссык-Куль.
Населённый пункт был основан как пост между городами Бишкек и Каракол. В 1871 году там было только две землянки для путешественников и юрта инспектора[5].
В середине 1880-х годов отставной солдат Михаил Бачин построил здесь хутор, начал рыбный промысел и организовал рыболовную артель. Помимо службы на путевом посту и рыболовства, жители занимались также транспортировкой древесины. К 1907 г. в селении жило уже 100 семей рыбаков, и оно стало именоваться Бачино, а в 1909 году было переименовано в Рыбачье — в составе Пржевальского уезда Семиреченской области Туркестанского генерал-губернаторства[4][6].