В 1873 году на основе Закона о национальных банках, почти копировавшего американский закон 1863 года, в Японии были учреждены национальные банки. До 1876 года возможности банков в финансировании промышленности и торговли были ограничены ввиду недостаточного металлического покрытия эмитируемых банками банкнот. В 1876 году банки получили право выпуска банкнот под облигации государственного займа, вследствие чего количество банков в стране резко увеличилось, и в конце 1870-х годов в Японии уже насчитывался 151 банк[1].
Резкий рост банков и неконтролируемая эмиссия привели к увеличению инфляции. Для того, чтобы не допустить краха экономики, в 1882 году был учреждён Банк Японии. Банк был основан сроком на 30 лет, основной целью его деятельности было уменьшение инфляции[2].
С 1885 года банк стал выпускать банкноты, обмениваемые на серебро. Законом 1889 года были установлены правила банкнотной эмиссии. Впредь банкноты, эмитируемые Банком Японии в обращение, должны были быть покрыты на 100 % серебром, за исключением не покрытого предела в 70 млн иен; в 1897 году непокрытый предел был увеличен до 85 млн, а в 1899 году — до 120 млн иен. Банк мог произвести дополнительную эмиссию банкнот сверх установленного предела только с разрешения министра финансов. В этом случае он был обязан уплатить налог с эмиссии (не менее 5 %), ставка которого в каждом отдельном случае устанавливалась главой Министерства финансов Японии[1].
В 1897 году Япония перешла на систему золотого монометаллизма, чему способствовала контрибуция, полученная Японией от Китая по Симоносекскому договору. Банкноты мог эмитировать только Банк Японии и по требованию их держателей обменивать на золото в своих кассах. Иены, выпускавшиеся банком, стали законным платёжным средством на всей территории страны. С выпущенных банкнот Банк Японии ежемесячно платил налог в размере 1,25 % годовых[1]. С декабря 1931 года был прекращён размен банкнот Банка Японии на золото[3].
Впоследствии срок функционирования банка был продлён ещё на 30 лет, а в 1942 году был издан закон, согласно которому Банк Японии стал подконтролен правительству[4]. Министр финансов Японии получил право самостоятельно изменять подзаконные акты банка. В 1949 году был создан Политический совет, который стал определять интересы государства в области монетарного регулирования. В 1979 году Закон о банке был модернизирован, и центральный банк получил бессрочный статус. С 1 апреля 1998 года вступил в силу новый Закон о Банке Японии, согласно которому банк стал независимым от Министерства финансов[2].