Длина — 291 км[3], площадь водосборного бассейна — 13,8 тыс. км²[2]. Берёт начало из озера Солнечного на высоте 753 м над уровнем моря. Протекает в границах Тенькинского и Ягоднинского районов по гористой местности, пересекая Верхнеколымское нагорье, в низовьях порожиста[4]. В среднем течении русло реки разветвлённое, множество островов разделено рукавами и пойменными протоками. Ниже по течению — русло слабоизвилистое, однорукавное, шириной до 140 м.[5]
Бахапча скована льдом со второй половины октября по вторую половину мая. В среднем и особенно верхнем течении намерзают крупные наледи. В половодье проходит около 52 % годового стока, летом-осенью — 46 %. Сезонный размах изменения уровней воды составляют 4,1 м.
Вода реки по химическому составу относится к гидрокарбонатному классу с высоким содержанием сульфатов и кальциевой группе. Минерализация воды меньше 40 мг/л. Мутность — 65 г/м³. Качество воды высокое.[5]
Среднегодовой расход воды в 5,4 км от устья составляет 123,84 м³/с, наибольший приходится на июнь, наименьший — на март. Среднемесячные расходы воды (данные наблюдений с 1934 по 1998 год)[6]:
По данным государственного водного реестра России и геоинформационной системы водохозяйственного районирования территории РФ, подготовленной Федеральным агентством водных ресурсов[2]: