Башкирская чрезвычайная комиссия (баш. Башҡортостандың ғәҙәттән тыш комиссияһы) — чрезвычайная следственная комиссия по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и саботажем в Автономной Башкирской Советской Республике.
Башкирская чрезвычайная комиссия создана 1 марта 1919 года указом Временного военного революционного комитета Башкирской Советской республики. Башкирская ЧК состояла из юридического, секретно-оперативного, отдельного (существ. с мая 1920 по май 1921), общего и комендантского отделов. На местах были созданы кантонные и волостные ЧК.
С апреля по август 1919 года во время наступления армии Колчака, Башревком и БашЧК были эвакуированы в город Саранск.
По многим вопросам, особенно по реализации автономии и принципа федерализма на основе достигнутых «Соглашений..» с центром, руководства и управления республикой, позиция Башревкома не совпадала с линией большинства членов обкома РКП(б), Башкирского ЧК, Башвоенкомата, Башкирского СНХ, Башнаркомпрода[1]. Это противостояние привело к аресту Башревкомом членов Башкирского ЧК в ночь с 15 на 16 января 1920 года. В связи с данными событиями, при особом отделе центрального ВЧК была создана комиссия по расследованию инцидента. В марте 1920 года комиссия отмечала, что Башревком по сути проводит национально-сепаратистскую политику, направленную на полное обособление БСР от РСФСР, а Пленума ЦК РКП(б) в апреле 1920 года подчеркивала о «существовании контрреволюционной опасности в Башкирии»[2].
До выхода постановления ВЦИК «О государственном устройстве Автономной Советской Башкирской Республики» от 19 мая 1920 года формально был в подчинении только Башревкома, а после — ещё и ВЧК. С июля 1920 года БашЧК находился в подчинении Башкирского ЦИК и ВЧК.
Башкирская ЧК начала проводить политические репрессии членов республиканского и местных кантонных ревкомов прежнего состава, оправдывая свои действия обвинениями их в контрреволюционности, подготовке мятежа, увольняла из своих рядов лиц башкирской национальности. Участвовала в подавлении антибольшевистких восстаний, в том числе Вилочного («Чёрного орла»), Бурзян-Тангауровского и др.