Научно-издательский комплекс «Башкирская энциклопедия» — государственное автономное учреждение Республики Башкортостан. Находится в Уфе. Выпускает энциклопедическую и словарно-справочную литературу.
В мае 1991 года во исполнение Постановления Совета Министров БССР «О подготовке и издании Башкирской Советской Энциклопедии» в Институте истории, языка и литературы Башкирского научного центра Уральского отделения АН СССР создана группа Башкирской энциклопедии (с февраля 1992 — отдел).
В феврале 1993 года на основании Постановления Совета Министров РБ «О ходе подготовки к изданию Башкирской Энциклопедии» (от 19 января 1993 года) отдел был преобразован в Главную редакцию Башкирской энциклопедии Академии наук Республики Башкортостан. Были созданы первые отраслевые отделы: экономики и народного хозяйства; географии и геологии; культуры и искусства; литературы, фольклора и языкознания; математики, физики, техники; истории; философии, религии, государства и права; науки, образования и СМИ; биологии, химии, медицины; а также отделы научного и литературного контроля; производственно-технический. В 1995 Указом Президента Республики Башкортостан М. Г. Рахимова Главная редакция была преобразована в Научное издательство. С 2012 научно-издательский комплекс (в состав вошло издательство «Гилем»).
С 1993 руководитель Главной редакции (главный редактор) Башкирской энциклопедии — З. Г. Ураксин. В 1995—1998 гг. директор НИ «Башкирская энциклопедия» — Р. З. Шакуров, в январе-июле 1995 и с 1998 — У. Г. Саитов.
Главным проектом издательства на протяжении нескольких лет является многотомная Башкирская энциклопедия. Этот свод знаний о прошлом и настоящем Республики Башкортостан состоит из 7 томов и включает свыше 17 тыс. статей, треть из которых — биографические. В энциклопедии содержится информация о странах мира и субъектах Российской Федерации, с которыми Башкортостан имеет исторические, экономические и культурные связи; о районах и населённых пунктах Республики Башкортостан; о географических объектах (горах, реках, озёрах и др.); об отраслях экономики; о предприятиях, учреждениях, организациях; о важнейших исторических событиях; о народах республики. Приводятся подробные сведения о культуре и быте башкир. Освещаются вопросы образования, науки, литературы, искусства.