В 2007 году БелГУ вошёл в число ВУЗов-победителей[1] конкурсного отбора образовательных учреждений высшего профессионального образования, внедряющих инновационные образовательные программы[2]. Эта победа позволила университету занять позицию регионального центра инновационного развития в области материаловедения и нанотехнологий, повысить исследовательскую активность учёных вуза и вывести их разработки на промышленный уровень.
В 2009 году университет стал базовым ВУЗом Университета Шанхайской Организации сотрудничества по направлениям «Нанотехнологии», «Регионоведение» и «Экология». В 2010 году БелГУ получил статус национального исследовательского университета и вошёл в Ассоциацию ведущих вузов России. (Распоряжение Правительства РФ от 20 мая 2010 г. № 812-р). В 2015 году на базе НИУ «БелГУ» был создан Региональный микробиологический центр.
В 2017 году НИУ «БелГУ» наделен правом самостоятельно присуждать ученые степени кандидата и доктора наук, создавать диссертационные советы и устанавливать их полномочия (автономный ВАК)[3].
В 2014 году агентство «Эксперт РА» присвоило ВУЗу рейтинговый класс «D» означающий «приемлемый уровень» подготовки выпускников[4].
ВУЗ занял 34-е место в рэнкинге ста российских вузов[когда?], осуществляющих лучшую подготовку журналистов в стране. Список был подготовлен Министерством связи и массовых коммуникаций РФ. В основу рэнкинга лёг опрос работодателей — руководителей более 110 ведущих СМИ России. Отбор же вузов для включения в список производился на основании среднего балла ЕГЭ зачисленных на соответствующие специальности студентов в 2014 году. Показатель НИУ «БелГУ» составил 20,4 балла. Для сравнения, максимальные результаты у Московского госуниверситета имени Ломоносова — 90,7 баллов, Санкт-Петербургского университета — 69,5 и Московского государственного института международных отношений — 56,1 баллов[5]. Если оценивать ближайшие альтернативы, то Воронежский государственный университет занял 18-е место (27,3 балла), Елецкий государственный университет — 38-е (19,5), а Курский государственный университет — 72-е (15,2)[6].
Times Higher Education — 1001+ место World University Rankings 2020, 351—400 место Emerging Economies 2020[7]