В другом значении биогенез — эмпирическое обобщение, утверждающее, что всё живое происходит только от живого.[1] В основе представлений о биогенезе лежат противопоставление живого неживому и идея вечности жизни.[2] В XIX веке биогенез противопоставляли представлениям о спонтанном самозарождении микроорганизмов (бактерий и простейших) из неорганического вещества. Как гипотеза о вечности жизни биогенез несостоятелен.[1] Согласно современным научным представлениям, живое вещество на Земле возникло из неорганического вещества, но не в результате спонтанного самозарождения, а в результате химической (пребиотической) эволюции, длящейся миллионы лет.[3][4]. См. также: Возникновение жизни.
Процессы транскрипции и трансляции — первый этап на пути формирования внутриклеточных структур. Следующие этапы — сборка надмолекулярных комплексов и их доставка в определённые участки клетки. Первичная структура белка, т. е. последовательность аминокислот в молекуле полипептида, определяет его вторичную и третичную структуры. Взаимодействие белковых молекул с другими белковыми и небелковыми органическими соединениями приводит к образованию четвертичной структуры белков и их встраиванию в те надмолекулярные комплексы, для которых эти белки предназначены. Все эти этапы превращений белковой молекулы, начиная от синтеза её рибонуклеиновой матрицы и до вхождения наряду с другими соединениями в состав определённых компонентов клетки, связаны с процессами самосборки. Именно эти процессы лежат в основе формирования и биогенеза клеточных структур.
В основе представлений о биогенезе лежит идея вечности жизни.[2] Поскольку, если живые организмы происходят только от других живых организмов, то их цепочка должна тянуться в прошлое бесконечно. Сторонники биогенеза предполагали, что зародыши живых существ были занесены на Землю с других, более древних небесных тел — теория панспермии. Её поддерживали немецкий химик Ю. Либих, физик и физиолог Г. Гельмгольц, шведский химик С. А. Аррениус и др., противопоставлявшие теорию панспермии существовавшему в середине XIX в. представлению о самозарождении сложно организованных животных (червей, мух и др.) из гниющего мяса, грязи и т. п. Авторы теории биогенеза ссылались на то, что перенос зародышей теоретически возможен, т. к. при отсутствии кислорода и при низкой температуре космического пространства зародыши могли находиться в состоянии анабиоза. Однако в дальнейшем выяснилось, что космические лучи оказывают губительное действие даже на весьма устойчивые споры бактерий. На ошибочность теории биогенеза указал Ф. Энгельс, считавший, что представление о требуемой теорией биогенеза устойчивости носителя жизни — белка — противоречит данным о его химических свойствах, а представление о вечности первичных носителей жизни несовместимо с историческим взглядом на живую природу.[2] Несостоятельность представлений о вечности жизни означает несостоятельность теории биогенеза.