16 мая 1931 — начало работы нового театра кукол. В помещении Дома коммунистического воспитания детей Смольнинского района на проспекте Володарского (ныне Литейный проспект 49) поставлена пьеса Л. Я. Циновского «Инкубатор». В составе театра три актёра: Н. К. Комина, А. А. Гак, А. Н. Гумилёва, художник В. Ф. Комин и музыкант М. Г. Аптекарь[2].
В 1932 году театр возглавил театральный рецензент и режиссёр Савелий Наумович Шапиро, выпускник Школы русской драмы, ученик В. Э. Мейерхольда. В 1930-х годах с театром работают художники В. Ф. Комин, Н. Н. Иванова, М. А. Григорьев, Е. П. Якунина, Н. Н. Константиновская. К концу 1930-х годов репертуар театра насчитывал более десяти спектаклей. Значительным событием стала премьера в мае 1937 года спектакля «Бевронский луг» по роману Р. Роллана «Кола Брюньон», адресованный старшим школьникам. Также значительные работы в этот период: «Илья Муромец» (1939), «Храбрый портняжка» (1940), «Аладин и волшебная лампа» (1940)[3].
В 1939 году театр получает название «Второй ленинградский театр кукол» и статус государственного театра, а в 1940 (по другим данным — в 1938) году — здание на улице Некрасова, 10, где и находится по настоящее время[2].
Во время блокады Ленинграда до февраля 1942 года театр давал представления в госпиталях, заводских цехах, на призывных пунктах и в воинских частях. Зимой 1941 года артисты театра организовали Новогоднее представление с ёлкой для детей блокадного Ленинграда. В феврале 1942 года театр был эвакуирован в Новосибирск. Артисты выступали с представлениями для детей, сатирическими спектаклями для взрослых. В репертуаре театра появлялись новые спектакли «Письмо» Ю. Свирина, «Четвертый мушкетер» Л. Браусевича, «Шелковая кисточка» И. Карнауховой. В апреле 1944 года одним из первых театр возвратился из эвакуации в Ленинград[3].
Первый послевоенный сезон открылся спектаклем «Аленький цветочек». В театр был принят второй режиссёр М. М. Королёв, труппа пополнилась актёрами Е. Р. Ваккеровой, Ф. И. Ивановым, В. М. Козловой, В. Ф. Костровой, В. В. Кукушкиным, И. И. Нахбо, О. С. Погорельской, С. Э. Струппуль, Б. А. Сударушкиным. Наиболее значимые спектакли второй половины 1940-х годов «Пятак и пятачок» Н. Гернет (1946), «Сказка о храбром солдате» Е. Шварца (1946), «Дюймовочка» (1947). Последним спектаклем, поставленным С. Н. Шапиро стал «Сказание о Лебединце-городе» И. Карнауховой и Л. Браусевича (1948)[3].