Церковь Бориса и Глеба — несохранившийся каменный шатровый храм высотой 74 м, являвшийся доминантой ансамбля Борисова городка (Царёва-Борисова), построенного на рубеже XVI и XVII веков.
Размеры церкви (высота и подшатровый квадрат с 10-метровыми сторонами) позволяют говорить о ней как об исключительном памятнике древнерусской архитектуры, значительно превышавшем церковь Вознесения в Коломенском, а также колокольню Ивана Великого до её надстройки. Андрей Баталов называет её «самым грандиозным из шатровых храмов в истории средневековой русской архитектуры»[1].
Археолог Павел Раппопорт, исследовавший в 1940-х годах[1] фундаментные рвы Борисоглебской церкви, предполагал, что незаурядный высокий храм в новой царской резиденции был задуман как памятник воцарению Бориса Годунова и восшествию на престол новой династии[2]. Начало строительства, согласно этой версии, пришлось на первые годы правления Бориса Годунова. Иного мнения придерживался Владимир Косточкин, который считал, что храм строился до воцарения Годунова — в 1585—1586 годах[3]. А. Л. Баталов допускает, что строительство началось ещё в бытность Годунова боярином, хотя не видит оснований для столь ранней датировки[1]. Таким образом, Борисоглебская церковь могла некоторое время являться самым высоким строением на Руси, прежде чем была надстроена колокольня Ивана Великого в Московском кремле. С дискуссионным вопросом о датах строительства храма связан и вопрос, мог ли участвовать в строительстве знаменитый зодчий Фёдор Конь, предположительно, возводивший укрепления Борисова городка. Эту возможность допускал П. А. Раппопорт, но отвергал В. В. Косточкин[3].
Освящение Борисоглебской церкви состоялось, предположительно, в 1601 году в присутствии самого царя и его семьи[1].
Несмотря на запустение Борисова городка после Смутного времени, церковь оставалась действующей до первой половины XVIII века, что подтверждается отметками в писцовых книгах о сборе с неё церковной дани. Однако в 1744 году церковь была заброшена и простояла в таком положении до начала XIX века, при этом, по некоторым данным, частично обвалилась в 1775 году. Окончательно разобрана в 1830 году на стройматериалы. Ценные кирпичи пошли на строительство новых домов. Битый кирпич и остатки стен вместе со строительным мусором рабочие свалили на склон рва и эти остатки стали предметом изучения археологов[4].
Церковь стояла на высоком белокаменном подклете и была окружена с трёх сторон двухъярусной папертью. Переход от четверика к восьмерику был оформлен кокошниками. В декорации использованы итальянизирующие мотивы, распространенные в архитектуре годуновской эпохи. В отличие от подклета, стены церкви были кирпичными с деталями из белого камня[1]. Высота без креста составляла 74 м[1][2].