Буддизм махаяны является государственной религией в Бутане, а буддисты составляют 3/4 населения страны[1].
Царь Тибета Сонгцэн Гампо (627—649) объявил буддизм официальной религией своего государства и построил центральный монастырь Джокханг в Лхасе. Согласно традиционным источникам, чтобы очистить Гималаи от демонических чар и установить мир, царь за один день поставил по всем Гималаям 108 монастырей. Два крупных из них на территории Бутана (Кийчу-лакханг в Паро и Джамбей-лакханг в Бумтанге) и несколько малых сохранились до сих пор и являются важнейшими местами паломничества.
Хроники подробно описывают несколько визитов Падмасамбхавы в Бутан в VIII веке в сопровождении жён (Еше Цогьял и Мандарава). После миссии Падмасамбхавы буддизм широко распространился в Бутане в виде школы Ньингма.
Позже царь Тибета Ландарма (836—842) преследовал буддизм, и многие монахи и учёные нашли прибежище в Бутане.
Бутанский буддизм Друкпа Кагью представляет собой ветвь школы Кагью, и берёт начало от ламы Цангпа Гьяре Еше Дорджи (1161—1211), основавшего в Тибете монастырь Друк («дракон») в городе Ралунг. Эта школа укрепилась на окраинах Тибета, в Ладакхе и в Бутане, но её расцвет в Бутане был в XVII веке.
Большую роль в развитии бутанского буддизма сыграли учёный Лонгченпа (1308—1364) и тертоны Дордже Лингпа (1346—1405), Пема Лингпа (1450—1521), Джигме Лингпа (1729—1798) школы Ньингма, открывшие драгоценные реликвии и основавшие множество монастырей. Пема Лингпа увидел во сне ритуальные танцы, которые стали исполняться в монастырях, и разыскал драгоценные терма (сокровища), оставленные Падмасамбхава в заводи Мебарцо в Бумтанге. Линия Пема Лингпа продолжается, основным центром является монастырь Гангте Гомпа.