Бункер подводных лодок (англ. Sub Pen, нем. U-boot-bunker) — специфический класс железобетонных защитных сооружений, строившихся для прикрытия мест базирования подводных лодок от воздушных налётов. Впервые появились в Германии в годы Второй мировой войны. Предназначались для обеспечения ремонта, заправки и снаряжения субмарин в ситуации постоянных воздушных налётов на военно-морские базы. После Второй мировой, СССР и ряд других государств развили данную идею в виде подземных баз подводных лодок, преследующих ту же цель, но использующих подземные сооружения вместо надземных бункеров. В настоящее время, по причине чрезвычайно высокой стоимости, уязвимости для современных средств поражения и невозможности маскировки от спутниковой разведки, подобные сооружения более не применяются.
Проблема защиты баз подводных лодок от воздушных бомбардировок приобрела особенную остроту в Германии в 1940—1941 годах. Захват военно-морских баз Франции на побережье Бискайского залива позволил, с одной стороны, значительно облегчить выход подводных лодок на океанские коммуникации Великобритании. Но с другой стороны, выдвижение субмарин на передовые базы одновременно сделало их гораздо более уязвимыми для интенсивных воздушных налётов. В то время как прежние базы германского флота на берегах Балтики и Северного моря были достаточно надёжно прикрыты системой раннего предупреждения и развитой сетью аэродромов, передовые базы, расположенные на побережье океана, были сравнительно открыты для налётов приближающихся со стороны моря британских бомбардировщиков.
Интенсивные воздушные налёты наносили существенный урон как конструкциям военно-морских баз, так и стоящим в доках подводным лодкам. Даже незначительные повреждения от ударной волны или осколков не позволяли вывести субмарину в море. Истребители и зенитная артиллерия не могли эффективно защищать расположенные на побережье и достаточно большие по площади военно-морские базы.
Ещё в Первую мировую войну немцы применяли деревянные защитные «крыши» для прикрытия доков подводных лодок. Помимо размещения маскировочных сетей, деревянное прикрытие также обеспечивало субмарине защиту от авиабомб небольшого калибра, сбрасываемых вручную с летящих на малой высоте бомбардировщиков. Появление в 1920-х годах прицельных приспособлений и тяжёлых авиабомб сделало деревянную защиту бесполезной, но сама идея физического укрытия подводных лодок от воздушных налётов тщательно рассматривалась немцами. В 1930-х годах, когда восстановление германского подводного флота ещё только начиналось, инженеры Кригсмарине начали изучать возможные проекты бетонных укрытий для передовых (подвергающихся наибольшему риску воздушного нападения) баз подводных лодок.
Осенью 1940 года началось строительство ранее уже утверждённых защитных сооружений в Гамбурге (бункер «Elbe II») и Гельголанде (бункер «Nordsee III»). Эти массивные сооружения на базах Кригсмарине должны были обеспечить возвращающиеся из походов подводные лодки надёжным и безопасным убежищем.