Форма овальная. Берега невысокие. Дно илистое, вдоль побережья грунты песчаные. Котловина ледникового генезиса[1].
В озеро впадают около пяти притоков, наиболее крупными являются реки Шуя (соединяет Вагатозеро и Шотозеро) и Сяпся (соединяет Вагатозеро и Сямозеро). Эти реки создают основное течение озера.
Западное побережье озера образовано преимущественно песчаными пляжами. Островов на озере нет. Водная растительность представлена тростником, камышом, осокой.