Истоки Ваги находятся среди болот на севере Вологодской области на Ваго-Сухонском водоразделе. Протекает по хвойным лесам. Долина реки в верховьях выражена слабо, но ниже устья Режи река образует глубокую долину, прорезая пермские породы. Высота склонов достигает 50 метров. Дно в этих местах каменистое, галечное. После впадения реки Терменьга Вага течёт в древней впадине. Ширина долины достигает 4 км, высота склонов уменьшается до 15—20 м[3]. Дно становится песчаным, иногда песчано-галечниковым. После впадения Устьи русло расширяется до 300 метров, средняя глубина 1,5—2,5 метра, на плёсах до 6 метров, но в межень на перекатах 0,2—0,4 метра[4].
В советское время и в начале 1990-х по реке осуществлялся лесосплав. В настоящее время река не судоходна.
Крупнейшие притоки — Кулой, Устья, Терменьга, Шереньга (правые); Вель, Пуя, Ледь, Сюма, Неленга, Паденьга, Большая Чурга, Пежма (левые).
Замерзает в середине ноября, вскрывается в конце апреля. Весеннее половодье длится 1,5-2 месяца, за это время река проносит 2/3 годового стока[3].
В древнерусском языке вага ― тяжесть, вес. По мнению Б. А. Серебренникова суффикс га, был типичным для волго-окской топонимики, как и суффиксы ма, ша, та и т. д. — они обозначали реку[9].
А. К. Матвеев считал название Ваги либо балтским по происхождению и сравнивал его с лит. vaga — «борозда, русло»[10], либо восходящим к более древнему Важка < *Важ — «приток», и возникшим в русском языке по модели обратного словообразования[11].