Мерку́рий (Меркуша) Ва́гин (? — 1712, Янский залив) — сибирский казак, полярный мореход и землепроходец, первооткрыватель новых островов в море Лаптевых.
В начале XVIII века сибирский губернатор князь М. П. Гагарин приказал якутскому воеводе Д. А. Траурнихту отправить в Северный Ледовитый океан экспедицию, с целью открытия и исследования новых островов, которые, по его мнению, могли быть богаты пушниной. На роль главы экспедиции Траурнихт выбрал казака Меркурия Вагина, по состоянию на 1711 год числившегося приказчиком города Верхоянска.
Осенью 1711 года во главе казачьего отряда в составе 10 человек (по некоторым данным — 11-ти) Вагин выступил из Якутска на Усть-Янск, откуда предполагалось начать экспедицию. Местные жители — чукчи — сообщили Вагину, что севернее мыса Святой Нос есть несколько островов. Сухим путём казаки достигли Святого Носа, выйдя к Янскому заливу, после чего по льду перешли на Ляховские острова.
Отряд Вагина сопровождал, в качестве вожа (проводника), казак-мореплаватель Яков Пермяков, первооткрыватель одного из Медвежьих островов. В начале XVIII века, незадолго до экспедиции Вагина, — Пермяков достиг острова Большой Ляховский и объехал его кругом на собачьей упряжке (о чём доложил в Якутскую канцелярию). По прибытии на этот остров, Вагин уже достоверно зафиксировал факт его существования.
Большого Ляховского острова экспедиция Вагина достигла по морскому льду на собачьих упряжках. Находясь на Большом Ляховском, казаки увидели с северного его побережья вдалеке и Малый Ляховский остров. Традиционно принято считать, что этот остров был открыт именно ими, и что именно Пермяков с Вагиным положили начало открытию и исследованию всех Новосибирских островов.
Испытывая недостаток продовольствия, Вагин был вынужден до вскрытия моря поспешно вернуться на материк к Катаеву кресту, что между устьем реки Хромы и Святым Носом. Здесь отряд остался на летовку, так как путь до Усть-Янска оказался непроходимым из-за многочисленных озер и болот. Место стоянки оказалось очень неудачным. Вода была пропитана солью, и люди страдали от жажды. После отлета гусей к жажде добавился голод, приходилось убивать собственных ездовых собак, а когда их не стало, то не брезговали мышами и «всякой гадиной». Несмотря ни на что, Вагин не оставлял твёрдого намерения отправиться в новую экспедицию на острова в следующем году. Казаки его отряда, недовольные планами Вагина, «вознегодовали, что та служба учинилась от него, Меркурия». Видя непреклонность начальника, они взбунтовались и убили его. Помимо главы отряда, были убиты его малолетний сын Михаил, вож Яков Пермяков и, по некоторым источникам, ещё один казак из Усть-Янска.