Вальдкирх подчинён административному округу Фрайбург и входит в состав района Эммендинген. Занимает площадь 48,47 км². Частью города также являются близлежащие поселения Буххольц, Кольнау, Зуггенталь и Зиензбах.
Город расположен на реке Эльц, в юго-западной части Шварцвальда у подножья горы Кандель (1241 м). Кроме того, Вальдкирх окружают и менее высокие горы Верхнерейнской низменности.
Достаточно часто происходят несильные землетрясения. Последнее из сильных землетрясений — 5,4 балла по шкале Рихтера — произошло 5 декабря 2004 года.
Первое упоминание города относится к 918 году, когда швабский герцог Бурхард II основал в этих землях женский монастырь св. Маргариты. Позднее было образовано поселение под покровительством Шварценбергеров, построивших здесь небольшие замки-крепости Кастельбург и Шварценбург, руины которых дошли до наших дней и являются главными достопримечательностями современного города. В XIII веке Шварценбергеры обнесли город защитной стеной.
После смерти последних Шварценбергеров Вальдкирх отошёл маркграфам Баден-Хахберга и в 1557 году был продан эрцгерцогу Австрийскому Фердинанду II. До 1805 года город принадлежал Передней Австрии, но после поражения последней в войне Третьей Коалиции по Пресбургскому мирному договору вместе со всем герцогством Брайсгау был передан Баденскому курфюршерству.
После Второй мировой войны, которую Вальдкирх перенёс без особых разрушений, город являлся частью региона Южный Баден, а после плебисцита, прошедшего 9 декабря 1951 года, вошёл в состав новосозданного Баден-Вюртемберга. В 1971 году к городу была присоединена соседняя община Зуггенталь, в 1973 году — община Зиензбах, а 1 января 1975 года — общины Буххольц и Кольнау.