В 1894 году построена линия Курган—Омск, ставшая впоследствии частью исторического маршрута Транссиба.
23 августа 1919 года красноармейцы 37-го стрелкового полка 5-й стрелковой дивизии освободили ст. Варгаши от белогвардейских войск (48-й Туринский полк, Челябинская казачья сотня, бронепоезд «Кондор»). Возле переходного моста через железную дорогу расположено захоронение красноармейцев, погибших при освобождении станции. Они были погребены в сквере возле вокзала, снесённого в 2001 году. Это санитар 6-й роты Семенов Дмитрий Яковлевич, уроженец пермского завода Мотовилиха и пулемётчик Гладких Михаил, уроженец Вятской губернии, Каминского уезда, Васильевской волости, посёлка Беляковский[2][3].
Переход через пути осуществляется по железобетонному пешеходному мосту со спуском на островную платформу.