Во время Великой Северной войны (1700—1721 гг.) во многих городах и районах Балтийского моря и Восточно-Центральной Европы произошла сильная вспышка чумы с пиком с 1708 по 1712 г.. Эта эпидемия, вероятно, была частью пандемии, поразившей регион от Средней Азии до Средиземноморья. Скорее всего, через Стамбул она распространилась в Пиньчув на юге Речи Посполитой, где она была впервые зарегистрирована в шведском военном госпитале в 1702 г. Затем чума следовала за торговыми, туристическими и армейскими путями, достигла побережья Балтийского моря в Пруссии в 1709 году, к 1711 г. она поразила районы вокруг Балтийского моря, через год достигла Гамбурга. Таким образом, ход войны и течение чумы взаимно влияли друг на друга: хотя солдаты и беженцы часто были разносчиками чумы, число погибших как среди военных, так и среди обезлюдевших городов и деревень иногда серьёзно влияло на способность противостоять силам противника или снабжать собственные войска.
Эта чума была последней, поразившей территорию вокруг Балтийского моря, которая пережила несколько волн чумы после Черной смерти XIV в. Однако для некоторых районов оно стала самой тяжелой. Люди умирали в течение нескольких дней после появления первых симптомов. Особенно на восточном побережье от Пруссии до Эстонии среднее число погибших на обширных территориях составляло до 2/3 или 3/4 населения, многие фермы и деревни остались полностью заброшенными. Однако трудно провести различие между смертью от истинной чумной инфекции или голода с другими болезнями, распространяющихся вместе с чумой. В то время как бубоны регистрируются среди симптомов, современные средства диагностики были плохо развиты, а записи о смерти часто неспецифичны, неполны или утеряны. Некоторые города и районы были поражены только в течение одного года, тогда как в других местах чума повторялась ежегодно в течение нескольких последующих лет. В некоторых районах зафиксировано непропорционально высокое число погибших детей и женщин, что может быть связано с голодом и призывом мужчин в армию.
Поскольку причина чумы была неизвестна современникам, а предположения простирались от религиозных причин о «плохом воздухе» до зараженной одежды, единственным средством борьбы с болезнью было сдерживание, чтобы отделить больных от здоровых. Вокруг зараженных городов, таких как Штральзунд и Кенигсберг, были установлены санитарные кордоны; один был также основан вокруг всего герцогства Пруссия, а другой — между Сканией и датскими островами вдоль пролива, с Сальтхольмом в качестве центральной карантинной станции. Внутри или перед городскими стенами были установлены «чумные дома» для карантина инфицированных людей. Примером последнего является Шарите, позволившая Берлину избежать чумы.