Византийский период в истории Египта начался с раздела Римской империи в 395 году. Являясь продолжением позднеантичного периода римского Египта, византийский период закончился завоеванием этой провинции арабами в 646 году. Византийская эпоха в истории Египта была отмечена полной победой христианства над традиционными верованиями, ростом влияния александрийского патриарха, зарождением и распространением монастырей и киновий. В экономическом отношении Египет был чрезвычайно важен для империи — на начало VI века валовой объём его продукции оценивается в 20 000 000 солидов, провинция давала 3/8 налогов империи и 240 000 тонн пшеницы ежегодно.
В V веке продолжилось дробление государственного управления в Египте. Средний Египет выделен из провинции Августамника как провинция Аркадия, каждая из оставшихся провинций была разделена надвое. Около 440 года, как минимум в Верхней Фиваиде, произошёл возврат к диоклетиановой системе управления, когда дукс стал центром всей гражданской администрации из-за необходимости усиленного контроля за южными границами, страдающими от набегов блеммиев и нубийцев. Вероятно, в этот период происходит увеличение числа крупных землевладений, приобретших определяющее влияние в последующие столетия.
В правление префекта Ореста (ок. 412—415) в Египте произошло большое количество народных волнений и беспорядков, вызванных конфликтом префекта с епископом Кириллом. Об этих событиях подробно рассказывается в «Церковной истории» Сократа Схоластика[1]. Согласно его версии, иудеи, поддерживаемые префектом, устроили в Александрии христианский погром, за что были изгнаны из города с конфискацией имущества. Затем конфликт между двумя руководителями города продолжился, когда некий монах Аммоний совершил нападение на префекта и был за это казнён, после чего толпа замучила учёную Гипатию, о которой было известно, что она часто вела беседы с Орестом.
Во второй половине V века Египет стал центром монофизитского учения с главным центром в Александрии, где власть патриархов, пользуясь удалённостью от метрополии была чрезвычайно велика. Двадцать лет после Эфесского собора были периодом доминирования Александрии на христианском востоке. Однако, когда в 451 году обнародовал свои решения Халкидонский собор, основа этого превосходства была уничтожена. Собор осудил монофизитство и установил новую иерархию церквей, в которой константинопольский патриарх занимал вторую позицию после папы римского, а александрийскому патриарху принадлежало только третье место. С этого времени монофизитство стало для населения Египта не только народным верованием, но и, наряду с особым языком, символом политической независимости от Римской империи.