Водородные бактерии — автотрофные аэробные и анаэробные бактерии, получающие энергию для роста путём окисления молекулярного водорода (H2) и способные использовать углекислый газ (CO2) в качестве единственного источника органического углерода[1].
К водородным бактериям не относят облигатно гетеротрофных бактерий и некоторых автотрофных бактерий (ацетогенов и карбоксидобактерий), несмотря на их способность использовать водород в качестве донора электронов[1].
Впервые водородные бактерии были описаны в 1906 году Алексеем Федоровичем Лебедевым (1882—1936) и Херманном Казерером[2] (1877—1955), а в 1909 году Сигурд Орла-Йенсен (1870—1949) выделил их в самостоятельный род Hydrogenomonas[3] (впоследствии род был расформирован и упразднён[1]).
Водородные бактерии широко распространены в почве, где они окисляют водород, постоянно образующийся при анаэробном разложении микроорганизмами различных органических остатков. Также они выступают в качестве продуцентов в континентальных и морских гидротермальных сообществах[4].
Отдельные виды ассоциированы с цианобактериальными матами или существуют как симбионты инфузорий и погонофор[4].
Реже окисление водорода осуществляют автотрофы, использующие в качестве терминального акцептора электронов другие вещества, например, сульфат (SO42-)[4].