Основой для создания Вооружённых сил Эстонии стали национальные части, сформированные в составе российской Императорской армии в ходе Первой Мировой войны. По распоряжению Временного правительства Эстонии в апреле 1917 года началось создание первых эстонских подразделений.
В ноябре 1918 года в составе инженерных войск была сформирована лётная полурота, в декабре преобразованная в роту, а в марте 1919 года — в авиационный отряд. Парк авиации состоял из самолётов, оставшихся от Императорской армии, Северо-Западной армии (Юденича), предоставленных Финляндией и Великобританией, а также захваченных трофеев. К концу 1919 года ВВС Эстонии насчитывали 40 самолётов.
1 сентября 1919 года была основана Лётная школа; первый выпуск из 17 человек состоялся в 1921 году. В целом, с 1919 по 1940 годы в 11 курсах Лётную школу прошли 457 человек. Из них: 177 пилотов, 37 наблюдателей, 235 механики авиации и 8 оружейников.
В 1921 году военно-воздушные силы, ставшие отдельным родом войск, сформировали авиационный полк, базировавшийся в Таллинне и подчинявшийся, при этом, Штабу внутренних войск. Следующее расширение эстонских военно-воздушных сил пришлось на 1930 год. Таллиннский авиаполк был развёрнут в отдельные дивизионы. ВВС теперь состояло из следующих частей:
Также, было сформировано Управление ПВО, которому подчинялись Авиация и Артиллерийская группа ПВО (сформированная в ходе тех же преобразований 1930 года).
2 марта 1939 г. правительство Эстонии заключило с английской фирмой «Виккерс-Супермарин» (Vickers-Supermarine) контракт на поставку двенадцати самолетов «Спитфайр» на сумму 151 255 фунтов стерлингов. Первые два самолета должны были быть переданы к 31 августа того же года, следующие два — к 29 февраля 1940 года и оставшиеся восемь — к 30 июня 1940 года. Уже 11 июля 1939 года к отправке в Эстонию были готовы «Спитфайры» Mk.I L1046 и L1037, которые были соответственно 260-м и 261-м серийными самолетами этого типа. Однако из-за общей нестабильности ситуации, сложившейся в Европе к концу лета, английское правительство сначала приостановило выполнение контракта, а затем 13 сентября 1939 года разорвало его и реквизировало оба первых «Спитфайра», предназначавшихся Эстонии.