XII сезон Второй лиги первенства России по футболу состоялся в 2003 году в период с 26 марта по 2 ноября.
В сезоне 2003 года во втором дивизионе были заявлены 93 команды. В межсезонье некоторые из них сменили свои названия:
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
* Примечание. Результаты матчей с участием команды «Уралан Плюс» (Москва) (7:+2=3-2, 8-7) были аннулированы.
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
* Примечания. В соответствии с регламентом был проведён матч за 1-е место между брянским «Динамо» и ФК «Орёл», прошёл 1 ноября в Туле, завершился победой «Орла» со счётом 2:1.
Результаты матчей с участием команды «Динамо» (Тула) (13:+0=2-11, 2-26) были аннулированы.
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки