XIII сезон Второй лиги первенства России по футболу состоялся в 2004 году в период с 27 марта по 3 ноября.
В сезоне 2004 года во втором дивизионе была заявлена 81 команда. В межсезонье некоторые из них сменили свои названия:
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
* «Зенит» — «Факел» 35-й тур: +:- (3:0) неявка.
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки