В 1914-1917 штаб роты находился в Выборгской крепости. Хранилище морских мин и боевая минная станция находились на острове Туркинсаари (Овчинный). К 1918 году рота была оснащена парком новейших катеров (малых минных заградителей) выпуска 1915-1916 гг., в хранилище имелся запас мин дистанционного и нажимного срабатывания и до 100 км кабелей для дистанционного подрыва мин.
Как расположенной в приморской крепости, задачей Выборгской крепостной минной роты было выставление минных заграждений в акватории Финского залива, примыкающей к Выборгской крепости
Для выполнения этой задачи имела в своём составе специальные минные суда и плавсредства
По назначению де-факто являясь флотской частью, рота комплектовалась и содержалась сухопутным ведомством, считаясь инженерной частью Российской Императорской Армии
Сама рота не имела знаков отличий (знамён отдельным ротам не полагалось), но суда и плавсредства, входившие в её состав, имели флаг особого образца.