В этом сезоне было решено, впервые после 2004 года, вернуть играм и конкурсам темы. Сезон был назван «студенческим».
В 2009 году было сыграно на одну игру больше, чем обычно. Вместо Спецпроекта с участием сборных команд был сыгран третий, утешительный, полуфинал для проигравших в полуфиналах.
Другим новшеством сезона было участие телезрителей в формировании состава Высшей лиги. На выбор были предложены пять команд, за которых можно было посылать СМС. Три команды, набравшие наибольшее количество голосов, приглашаются в сезон.
Помимо этих команд, в сезон попали чемпионы Премьер-лиги «Триод и Диод» и «Полиграф Полиграфыч», первая команда Высшей лиги из Хабаровска — «Ботанический сад», первая чеченская команда, а также новый проект КВНщиков Краснодарского края, созданный командами БАК и «Соучастники».
Для более опытных команд сезон сложился по-разному. Финалисты предыдущего сезона «СОК» дошли лишь до полуфинала, а полуфиналисты — «Байкал» остановились на четвертьфинале. Ещё одни полуфиналисты — Сборная ГУУ выбыли в 1/8-й финала. С другой стороны, команда «Станция Спортивная» впервые смогла пробиться в полуфинал; «СТЭПиКо», вылетевшие в 2008-м после первой игры, тоже дошли до полуфинала; команда «Фёдор Двинятин», заменившая перед сезоном Наталию Медведеву на Андрея Стецюка (чемпиона Высшей лиги 2005 в составе команды «Мегаполис»), прошла в финал. Вернувшаяся, пропустив сезон, «ПриМа» в 2009-м стала чемпионом.
В сезон Высшей лиги 2009 были приглашены двенадцать команд. Ещё три были выбраны телезрителями из пяти вариантов. Результат СМС-голосования: