Предполагается, что гаплогруппа B возникла в Азии около 50 тыс. лет назад. Её предком была гаплогруппа R. По расчётам генетика Теодора Шурра из Университета Пенсильвании носители митохондриальной гаплогруппы B попали в Северную Америку до 24 тыс. лет назад[2][3].
Гаплогруппа B чаще всего встречается в Восточной Азии[4]. Её подгруппа B2 — одна из пяти гаплогрупп, встречающихся среди индейцев, наряду с такими, как A, C, D и X.
Поскольку современные модели древних миграций в Америку предполагают, что предки индейцев пришли из Сибири, представляет особый интерес тот факт, что гаплогруппа B — единственная из «индейских» гаплогрупп, которая не встречается у современного населения Северной Сибири. С другой стороны, она встречается у населения Южной Сибири — у таких народов, как тувинцы, алтайцы и буряты. У тубалар на Северном Алтае митохондриальная гаплогруппа B4b1 достигает 6,3 %[5]. Также эта гаплогруппа встречается среди монголов, тибетцев, корейцев, изредка встречается в таких странах и регионах, как Япония, Китай, Вьетнам, Малайзия, Тайвань, Индонезия, Мадагаскар, Филиппины, Меланезия, Микронезия и Полинезия[6].