Гаплогруппа H — гаплогруппа митохондриальной ДНК человека. Является потомком гаплогруппы HV. «Кембриджская эталонная последовательность» — человеческая митохондриальная последовательность, с которой сравниваются все прочие, принадлежит гаплогруппе H.
Ряд независимых исследований показал, что гаплогруппа H, предположительно, возникла в западной Азии около 30 тыс. лет назад, прибыла в Европу около 20—25 тысяч лет назад и быстро распространилась на юго-запад континента во франко-кантабрийский регион[3][4]. В период последнего ледникового максимума (последнего оледенения) 20—13 тысяч лет назад большинство палеолитических поселений Северной и Центральной Европы вымерло, в связи с чем представители гаплогруппы Н в большей степени выжили лишь на севере Испании (поэтому в настоящее время данная гаплогруппа хоть и распространена по всей Европе, но с наибольшей частотой, более 50 %, встречается среди басков)[5][6]. По мнению некоторых генетиков, на Пиренейском полуострове данная гаплогруппа встречалась у 70 % населения; оттуда носители гаплогрупы Н, будучи носителями культуры колоколовидных кубков, заселили оставшуюся часть Европы[7].
Предполагается, что распространение подклассов H1, H3, а также сестринской гаплогруппы V связано с внутриевропейской экспансией во франко-кантабрийском регионе после последнего ледникового максимума около 13 000 лет назад[3][8]. Данные молекулярной генетики говорят о том, что франко-кантабрийский регион был колыбелью большей части населения Европы, по крайней мере, по женской линии (через гаплогруппу H)[9].
Древняя митохондриальная ДНК останков, известных как «Пальиччи 23» (en:Paglicci 23) возрастом 28 тысяч лет из пещеры Пальиччи (Апулия, Италия) соответствует эталонной кембриджской последовательности HVR1, указывающей на то, что индивидуум имел либо митохондриальную гаплогруппу R, либо митохондриальную гаплогруппу H. Свидетельством достоверности данного открытия является то, что гаплотип данных останков отличался от гаплотипа всех лиц, работавших с данными останками со времени их обнаружения[10].
Субклада H13c была обнаружена у мезолитического охотника из карстового грота Котиас Клде в известняках плато Мандаэти в Западной Грузии, жившего 9529—9895 лет назад[11].
Гаплогруппа H была обнаружена у представителя старчевской культуры, жившего ок. 7600 лет назад[12] и у представителей днепро-донецкой культуры, живших ок. 7500 лет назад[13].