Гаплогруппа R1a1-M459 является потомком субклады R1a, происходящей от макрогруппы R1. По расчётам она появилась около 17,3 тыс. лет назад, при этом последний общий предок современных носителей гаплогруппы R1a1 жил 14,1 тыс. лет назад (даты определены по снипам компанией YFull). Имеет потомков в виде Y-хромосомных гаплогрупп R1a1a и R1a1b, первая из которых оставила намного большее количество потомков.