Считается, что гаплогруппа Z возникла в Центральной Азии. Является потомком митохондриальной гаплогруппы CZ, в свою очередь произошедшей от митохондриальной гаплогруппы M.
Наибольшее разнообразие данной группы представлено в Корее, северном Китае и Центральной Азии. Однако с наибольшей частотой встречается среди некоторых народов России и среди саамов на севере Скандинавии.