Основан в 2002 году. В 2003—2018 годах имел профессиональный статус. Победитель Второй лиги в сезоне 2004/05. С 2005 года на протяжении тринадцати сезонов подряд выступал в Первой лиге. Высшим достижением клуба является четвёртое место в Первой лиге в сезоне 2016/17. В 2019 году выступал в Чемпионате Харькова, проводил матчи на стадионе «Восток»[1].
Футбольный клуб «Гелиос» создан 1 декабря 2002 года в городе Харькове. Инициатор создания команды — предприниматель Александр Гельштейн[укр.].
Первым соревнованием для клуба стал «Турнир выпускников ХАИ» 2003 года, который проходил в Харьковском аэрокосмическом университете. Дебютант занял призовое третье место.
Первыми официальными турнирами для «Гелиоса» были Чемпионат Харьковской области и Любительский чемпионат Украины, который в то время носил название Чемпионат Украины среди коллективов физкультуры и спортивных клубов.
С 20 апреля по 2 июля 2003 года «Гелиос» принял участие в групповом турнире Любительского чемпионата Украины. Харьковчане заняли первое место в третьей группе, опередив ФК «Черкассы» по лучшей разности мячей, подтвердив серьёзность своих намерений выступать на профессиональном уровне.
26 апреля 2003 года стартовал очередной чемпионат Харьковской области среди команд высшей лиги. В нём «Гелиос» успел сыграть 15 игр, в тринадцати из них победил при одной ничьей и одном поражении. «Солнечные» были вынуждены покинуть соревнование, будучи безоговорочным лидером — 40 очков, разность мячей 45:12.