Генера́льный секрета́рь НА́ТО является главным должностным лицом Организации Североатлантического договора (НАТО). Генеральный секретарь отвечает за общую координацию работы альянса, а также является главой Североатлантического совета.
В настоящее время пост Генерального секретаря НАТО занимает Йенс Столтенберг, бывший премьер-министр Норвегии.
Девятая статья Североатлантического договора требует от членов НАТО «создать Совет, в котором будет представлен каждый из них». Соответственно, был сформирован Североатлантический совет. Первоначально Совет состоял из министров иностранных дел стран-членов НАТО и собирался ежегодно. В мае 1950 года стремление к более тесной координации на ежедневной основе привело к назначению депутатов Совета, постоянно базирующихся в Лондоне и наблюдающих за работой организации. Депутатам были предоставлены все полномочия по принятию решений в Североатлантическом совете, но их работа дополнялась время от времени встречами министров иностранных дел стран НАТО. На председателя заместителей была возложена ответственность «за руководство организацией и ее работой», включая все ее гражданские органы.
Депутаты Совета впервые собрались 25 июля 1950 года и избрали своим председателем Чарльза Споффорда, депутата от США. Несколько важных организационных изменений вскоре последовали за назначением депутатов Совета, в первую очередь создание единого военного командования под единым верховным главнокомандующим союзников. Это объединение и растущие проблемы, стоящие перед НАТО, привели к быстрому росту институтов организации, и в 1951 году НАТО была реорганизована с целью упорядочения и централизации своей бюрократии. В рамках организации депутатам Совета были делегированы полномочия представлять свои правительства во всех вопросах, в том числе связанных с обороной и финансами, а не только с иностранными делами, что значительно увеличило их власть и значение.
По мере роста авторитета депутатов и роста размеров организации в НАТО был создан Временный комитет Совета под председательством Уильям Аверелла Гарримана. Эта группа создала официальный секретариат в Париже для управления бюрократией НАТО. Комитет также рекомендовал, чтобы «агентства НАТО были усилены и скоординированы», и подчеркнул необходимость того, чтобы кто-то, кроме председателя Североатлантического совета, стал высшим руководителем альянса. В феврале 1952 года Североатлантический совет соответственно учредил должность генерального секретаря для управления всеми гражданскими учреждениями организации, контроля ее гражданского персонала и обслуживания Североатлантического совета.