Гетерого́ния (от др.-греч. ἕτερος — «другой» и γονή — «поколение») — чередование двух различных половых поколений у животных (в отличие от чередования половых поколений с бесполыми — метагенеза).
Сменяющие друг друга поколения могут быть или одни раздельнополые, другие гермафродитные, или же одни поколения размножаются при участии двух полов, другие партеногенетически (яйца развиваются, не будучи оплодотворены самцом). Гетерогония встречаются в различных группах животного царства: у плоских и круглых червей, насекомых и ракообразных.
Простейшим случаем гетерогонии мы можем считать тот, когда у животного не наблюдается чередования двух различных поколений, но одно и то же животное сначала кладёт в течение какого-то времени яйца без участия самцов, а затем оплодотворённые яйца.
Примером, представляющим чередование гермафродитных поколений с раздельнополыми, может служить небольшой круглый червь Rhabdonema nigrovenosum; гермафродитное поколение этого животного паразитирует в лёгких лягушки; развивающиеся из яичек молодые черви переходят в кишечник лягушки и вместе с испражнениями попадают во влажную землю; здесь они быстро развиваются в самцов и самок. Яйца развиваются непосредственно в теле матери, и зародыши своими движениями разрушают его. Через отверстие рта лягушек они проникают в их лёгкие и развиваются в гермафродитное поколение.
У нематоды Alloionema appendiculatum может следовать друг за другом неопределённо длинный ряд свободно живущих поколений; но если случайно личинка попадёт в тело слизня Arion ater, то она развивается иначе, достигает гораздо большей величины и представляет некоторые существенные отличия в своём строении.
Второй вид гетерогонии распространён среди насекомых. Филлоксера (Phylloxera) представляет ряд бескрылых поколений, размножающихся партеногенетически, затем в жаркую пору года появляются крылатые, тоже партеногенетические поколения, которые кладут яйца двоякого рода; из этих яиц и развиваются самцы и самки. После оплодотворения самки кладут одно крупное зимующее яйцо, которое даёт начало новому ряду партеногенетических поколений.