Это двадцать девятый фильм о Годзилле, и второй американский перезапуск японской франшизы после «Годзиллы» Р. Эммериха, снятого в 1998 году. Фильм дал старт медиафраншизе MonsterVerse. Выход картины был приурочен к шестидесятилетию франшизы про Годзиллу, в 2019 году вышло продолжение — «Годзилла 2: Король монстров».
1999 год. Доктора Исиро Сэризава, Вивьен Грэм и другие учёные на Филиппинах обнаруживают целый скелет огромного неизвестного существа. Как предполагают учёные, он погиб два миллиона лет назад. Исследовав пещеру, команда обнаруживает дыру, из которой недавно кто-то вылез, и огромный след, уходящий в море.
В то же время инженер Джо Броуди отправляется вместе со своей женой, Сандрой Броуди, на АЭС близ Токио. Он должен выяснить причину сейсмических толчков, которые приближаются к городу. Во время работы происходит землетрясение, радиоактивный пар выходит из зоны реактора, и Джо приходится пожертвовать командой Сандры и ею самой ради безопасности города. АЭС полностью разрушается.
Спустя 15 лет повзрослевший сын Джо, Форд Броуди, военный сапёр, возвращается со службы в Сан-Франциско к своей семье. Однако, в день приезда ему сообщают, что его отца поймали при пересечении карантинной зоны вокруг разрушенной АЭС. Форд прилетает в Токио и вместе с отцом едет в его дом. Там он пытается убедить Джо вернуться. Но он отвергает это предложение, аргументируя свой отказ необходимостью доказать, что АЭС разрушило не землетрясение, а нечто живое, и оно скоро проснётся. Форд долго ругается с отцом, но, не в силах переубедить его, нехотя соглашается нарушить японские законы. Прибыв в карантинную зону, они обнаруживают, что там радиации нет, и спокойно идут к своему старому дому. Там Джо находит старые дискеты с записями сейсмической активности в районе электростанции перед её разрушением. Выйдя на улицу, они замечают пролетающий вертолёт и неизвестную базу, но их арестовывают и увозят на неё. На базе они обнаруживают кокон, в котором кто-то есть. Доктор Исиро Сэризава контролирует его изучение, но излучаемые существом электромагнитные импульсы начинают учащаться. В комнате для допросов Джо объясняет, что это неизвестное существо очень древнее и может испускать электромагнитные импульсы, которые блокируют или отключают всю электронику, и требует освободить Форда. Сэризава и Грэм обращают внимание на данные, которые очень похожи на данные 1999 года. Во время разговора происходит учащение импульсов, и Сэризава приказывает уничтожить существо с помощью мощных импульсов энергии. Сначала показания жизнедеятельности падают, но потом внезапно возрастают, и из кокона появляется кайдзю, который громит базу и улетает. Соратница Сэризавы и он сам догадываются, что этот кайдзю насыщается радиацией, так как на момент его пробуждения ядерные реакторы базы были истощены.